특정 페이지를 링크하셨거나 북마크를 해두셨다면 모두 수정하셔야 합니다. doku.php 를 빼고 모든 : 를 / 로 치환하시면 되지만 결과적으로는 PermaLink 랑 말이 무색하게 되었네요. 하지만 앞으로 이 형태에서 바뀔 일은 없을 것 같습니다.